Nell'ambito della SEPA sono previste nuove regole anche per le carte di pagamento. I pagamenti via carte di debito e credito sono stati definiti dal SEPA Cards Framework con l'obiettivo di uniformare l'accettazione delle carte di tutti i Paesi facenti parte della SEPA incentivando al tempo stesso la concorrenza. Le carte emesse o rinnovate a partire dal 2008 sono munite di un microchip che funziona secondo gli standard di sicurezza EMV (la sigla deriva dalle iniziali di Europay/Mastercard/Visa, cioè dal nome dei circuiti che li hanno a suo tempo definiti). Questi criteri di sicurezza consentono di contrastare più efficacemente le frodi da duplicazione e contraffazione delle carte. Entro il 2010 la rete di accettazione (ATM e POS) dovrà essere aggiornata in tutti i paesi SEPA. A tal proposito, un grande vantaggio per i titolari di carte di pagamento SEPA compliant è la garanzia di poter pagare in tutti i Paesi SEPA con la stessa carta usata a livello domestico e alle medesime condizioni.